Er mai dim ond ers 1977 y mae'r clwb presennol wedi' ffurfio, mae nifer o dimau wedi bodoli yn y pentref yn y gorffennol. Mae tystiolaeth o dîm yn y pentref yn y 1890au yn ogystal ag amryw o dimau yn y 1920au a 30au.

Mae 'na gofnod o Port Dinorwic yn ennill Cwpan Alves Cynghrair Caernarfon a'r Cylch yn 1945/46. Roedd y timau yma i gyd yn chwarae eu gemau cartref ar gae yn Stad y Faenol.

Cyn y clwb presennol, roedd tim yn y 1960au a chwaraeodd yng Nghyngrair Caernarfon a'r Cylch am ddau dymor. Roedd y clwb yma'n chwarae ar yr un cae a'r clwb presennol.

Ffurfiwyd y clwb presennol ar y 3ydd o Orffennaf, 1977 fel Portdinorwic Football Club, gan ymuno a Chynghrair Caernarfon a'r Cylch. Blwyddyn yn ddiweddarach, newidiwyd enw'r clwb i Clwb Pel Droed Y Felinheli (sef yr enw sy'n cael ei ddefnyddio heddiw).

Ennillodd y clwb Cynghrair Caernarfon a'r Cylch yn 1981/82 a 1982/83, ac yn 1983/84 ymunodd y clwb a'r cynghrair newydd, Cynghrair Gwynedd. Felin oedd ennillwyr cyntaf y gynghrair yma ac yn sgil hyn, cafwyd dyrchafiad i Gynghrair Undebol y Gogledd (The North Wales Coast League). Yn 1987/88, ennillodd y clwb eu tlws mwyaf sef y 'North Wales Coast Challenge Cup', a roedd y clwb yn ail yn yr un cystadleuaeth yn 1988/89 a 1989/90.

Yn 1991/92 cyrhaeddodd y clwb eu safle uchaf erioed, sef ail yng Nghynhrair Undebol y Gogledd. Yn ogystal a hyn, gwelwyd y dorf mwyaf erioed yn Cae Seilo pan ddaeth tua 600 o bobl i weld gem olaf y tymor yn erbyn Llangefni Town i benderfynnu tynged y gynghrair. Ennillodd y clwb Cwpan Alves y Cynghrair Undebol yn yr un tymor gan guro Nantlle Vale.

Yn 1994/95, disgynodd y clwb yn ol i Gynghrair Gwynedd, ble treuliwyd y 6 tymor nesaf. Yn ystod y cyfnod yma, roedd llwyddiant i'r clwb yn Cwpan Barrit, ac yn 2001, ennillodd y clwb Gynghrair Gwynedd a cael dyrchafiad yn ol i Gynghrair Undebol y Gogledd. Yn y tymor cyntaf yn ol, gorffennodd y clwb yn hanner uchaf y tabl, ond nid oedd y tymor canlynol mor llwyddianus a disgynodd y clwb yn ol i Gynghrair Gwynedd. Roedd disgyniad arall y tymor canlynol yn ol i Gynghrair Caernarfon a'r Cylch.

Dros y blynyddoedd nesaf, roedd y clwb yn ail yn y tabl ar nifer o achlysuron, a ennillodd y clwb y NWCFA Junior Cup yn 2013 a 2014.

Yn 2013/14, cyflawnodd y clwb y trebl gan ennill y gynghriar, y Junior Cup a Cwpan Llun Mewn Ffram gan sicrhau dyrchafiad yn ol i Gynghrair Gwynedd.

Ar ol cyfnod byr o ddwy flynedd yng Nghynhrair Gwynedd, dyrchafwyd y clwb yn ol i system cynghreiriau yr FAW ar ol cyflawni'r dwbl gan ennill Cynghrair Gwynedd a Cwpan Gwynedd yn nhymor 2015/16.